Die DDR ist noch jung, aber Thomas Brasch (Albrecht Schuch) passt schon nicht mehr rein. Es ist vor allem sein Vater Horst (Jörg Schüttauf), der den neuen deutschen Staat mit aufbauen will. Doch Thomas, der älteste Sohn, will lieber Schriftsteller werden. Thomas ist ein Träumer, ein Besessener und ein Rebell. Schon sein erstes Stück wird verboten und bald fliegt er auch von der Filmhochschule. Als 1968 die sowjetischen Panzer durch Prag rollen, protestiert Brasch mit seiner Freundin Sanda (Ioana Jacob) und anderen Studenten mit einer Flugblattaktion in den Straßen Berlins – und rennt vor die Wand. Sein eigener Vater verrät ihn und Thomas Brasch kommt ins Gefängnis. Auf Bewährung entlassen, arbeitet Brasch in einer Fabrik und schreibt über die Liebe, die Revolte und den Tod. Aber mit einem wie ihm kann man in der DDR nichts anfangen. Ohne Aussicht, gehört zu werden, verlässt Thomas mit der Frau, die er liebt (Jella Haase), die Heimat. Im Westen wird er anfangs bejubelt, dreht mehrere Kinofilme, wird zweimal nach Cannes eingeladen. Doch Brasch lässt sich nicht vereinnahmen. Auch nach dem Mauerfall, zurück in Ost-Berlin, ist er weit davon entfernt, Ruhe zu geben.
Das Leben von Thomas Brasch ist eng mit der Geschichte des 20. Jahrhunderts verknüpft. In der DDR konnte der Künstler nicht bleiben und im Westen wollte er nicht sein. Inspiriert von Braschs Werk erzählt "Lieber Thomas" von den umkämpften Welten im Leben eines radikal Unangepassten: von Braschs Hassliebe zu seinem Vater, von der tiefen Zuneigung zu seinen Geschwistern und seinem ruhelosen Begehren zu den Frauen seines Lebens. Dabei wechselt der in schwarz-weiß gedrehte Film atemlos zwischen Traum und Wirklichkeit, zwischen Wahrheit und Fiktion. Denn vor allem erzählt "Lieber Thomas" von einer grenzenlosen Leidenschaft für das Schreiben, von Braschs betörenden Gedichten, seiner magischen Prosa und seinen originellen Filmen. So entsteht ein Porträt aus Surrealem und Tatsächlichem über einen Mann, der zu gewaltig für die Konventionen seines Jahrhunderts war – in aller Zartheit und kraftvollen Härte.
