Als einziges Mädchen darf sie die Domschule in Dorstadt besuchen und wird in die Obhut des Ritters Gerold (David Wenham) gegeben, in den sie sich unsterblich verliebt. Nach einem blutigen Überfall der Normannen, trifft Johanna eine folgenreiche Entscheidung. Als Mann verkleidet tritt sie ins Kloster Fulda ein. Dort erlernt sie die Kunst des Heilens und wird zum Priester geweiht. Später in Rom erwirbt sie den Ruf eines Wunderheilers und wird aufgrund ihrer Fähigkeiten zum Leibarzt von Papst Sergius (John Goodman) ernannt. Kurz darauf wird der Papst vergiftet aufgefunden. Der Drahtzieher des Komplotts, Bischof Anastasius, macht sich Hoffnungen auf den heiligen Stuhl, doch überraschend wird Johanna zum Papst gewählt. Aber die unentdeckte "Päpstin" besitzt eine gefährliche Schwachstelle: Sie ist von Gerold, ihrem heimlichen Geliebten, schwanger…